Preparaty enzymatycznepochodzą z organizmów i są ogólnie bezpieczniejsze i mogą być stosowane w odpowiednich ilościach w zależności od potrzeb produkcyjnych. Istnieją trzy główne grupy mikroorganizmów, które wytwarzająpreparaty enzymatyczne: grzyby nitkowate, drożdże i bakterie, głównie przy użyciu dobrych bakterii powietrza. Szczepy i zastosowanie kilku głównych enzymów przemysłowych są następujące:
(1)Amylazy
Amylaza hydrolizuje skrobię w celu wytworzenia pasty malto-oligosacharydów i maltozy. Jest wytwarzana głównie przez fermentację wgłębną Bacillus subtilis i Bacillus licheniformis z rodzaju Bacillus, a ta ostatnia wytwarza termostabilne enzymy. Ponadto jest również wytwarzana przez zanurzenie i półstałe fermentacja ze szczepami Aspergillus i Rhizopus, które nadają się do przetwarzania żywności. Amylaza jest stosowana głównie do produkcji cukru, odklejania tekstyliów, przetwarzania surowców fermentacyjnych i przetwarzania żywności. Glukoamylaza może hydrolizować skrobię do glukozy, która jest obecnie prawie w całości wytwarzana przez Aspergillus niger fermentacja wgłębna do produkcji cukru, produkcji alkoholu, przetwarzania surowca fermentacyjnego itp.
(2) proteaza
Najczęściej używane szczepy i odmiany produkcyjne.Użyj Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus i Bacillus subtilis do produkcji proteazy bakteryjnej przez fermentację wgłębną; użyć fermentacji wgłębnej Streptomyces i Aspergillus do produkcji proteazy obojętnej i proteazy kwasowej Aspergillus do depilacji skóry, zmiękczania sierści, farmacji i przemysłu spożywczego; niektóre bakterie z rodzaju Mucor poddawane są półstałej fermentacji w celu wytworzenia podpuszczki, która zastępuje podpuszczkę pierwotnie ekstrahowaną z cielęcia żołądka w produkcji sera.
(3) Izomeraza glukozy
Odmiana, która rozwinęła się szybko w latach siedemdziesiątych. Najpierw do uzyskania komórek Streptomyces stosuje się fermentację wgłębną. Po unieruchomieniu roztwór glukozy przekształca się w syrop zawierający około 50% fruktozy. Syrop ten może być stosowany w przemyśle spożywczym zamiast sacharozy. Wykorzystanie amylazy, glukoamylazy i izomerazy glukozowej do produkcji syropu fruktozowego ze skrobi kukurydzianej stało się jednym z powstających przemysłów cukrowniczych.