Chlorowodorek cysteaminy może być stosowany do produkcji kosmetyków, dodatków paszowych, leków przeciwwrzodowych, może być również stosowany do produkcji odczynnika biochemicznego i kompleksowego środka ciężkich jonów mięsa. Może reagować z enzymem ludzkiego organizmu i stabilizować jego działanie w przypadku promieniowania, dlatego może być stosowany w leczeniu syndromu popromiennego i trucizny tetraetyloołowiu. Może być wytwarzany w postaci tabletek lub zastrzyków.
